Camerele și suitele de la Hotel Atlantis au podea cu parchet și vedere la orașul Heraklion, la port sau la atrium-ul hotelului. Fiecare unitate de cazare oferă birou, aer condiționat, TV cu ecran plat și canale prin satelit, aparat de cafea și minibar. Băile moderne sunt dotate cu halate de baie, papuci și articole de toaletă gratuite.
Serviciile disponibile includ o cameră de bagaje și un seif. În spațiile comune, conexiunea Wi-Fi le oferă clienților acces (gratuit) la internet. Locul de cazare dispune de facilități pentru persoanele în scaun cu rotile. Cei ce călătoresc cu autoturismul propriu îl pot parca contra cost în parcarea unității de cazare. Printre serviciile oferite se numără asistență medicală, un serviciu de transfer, room service contra cost, un serviciu de apel de trezire și un serviciu de spălătorie. Pentru conferințe, prezentări sau reuniuni stau la dispoziție 3 săli.Hotelul mai are in dotare o piscină în aer liber, cu vedere directă la port, o piscină semi-acoperită și un restaurant decorat elegant.
Portul orașului Heraklion, care oferă legături către portul Pireu, este situat la 2 km de Hotelul Aquila Atlantis, iar Aeroportul Internațional Nikos Kazantzakis se află la 4 km. Situl arheologic din Knossos este situat la 6 km.